肝胆胰外科是医院具有百年历史的传统优势学科。1986年与上海长海医院肝胆研究所联合成立肝胆外科诊疗中心,1987年设立福建医学院肝胆研究二室,2019年7月正式独立建科,2022年分别获批国家临床重点专科建设项目(普通外科)及福建省临床重点专科建设项目,2022 年获批国家癌症中心第一批肝癌规范诊疗质量控制试点单位,是中国肝癌防治联盟核心单位。依托福建医科大学肝胆研究二室及3D打印技术应用研究中心,是中国肝癌防治体系推进单位及省级外科基础技能培训基地。2024年与华中科技大学同济医学院附属同济医院合作共建肝胆胰专科,成立“陈孝平院士名医工作室”。
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