胃食管外科（减重外科）是福建医科大学附属第二医院建院一百多年以来的传统优势专业，在科室负责人黄志军主任的带领下，以临床诊疗为基础，提倡多学科综合治疗理念，基础科研为辅，目前主要开展食管癌、胃癌等消化道肿瘤早诊早治、综合治疗、代谢性疾病及胃食管良性病等疾病的相关临床及基础工作；积累了丰富的外科临床经验，秉承了精湛的外科手术技术。

微创手术方面：科室目前常规开展全胸腹腔镜食管癌三野清扫根治术，回结肠代食管手术，经颈纵隔食管手术、腹腔镜下胃癌根治术，包括腹腔镜下近端胃癌根治术、全腹腔镜胃癌根治术、腹腔镜下远端胃癌根治术等；基于膜解剖的食管癌功能性淋巴结清扫及神经保护术式，并多次在全国手术视频大赛上获奖，已达国内领先水平；在减重代谢疾病方面，本科室常规开展全腹腔镜下胃旁路术、袖状胃手术等术式，致力于为糖尿病患者及肥胖症患者提供个性化医疗服务；同时也常规开展胃食管良性疾病和反流性疾病的微创诊治，包括食管平滑肌瘤切除、胃间质瘤切除、食管裂孔疝修补+胃底折叠术、贲门失弛缓症Heller手术等。

综合诊疗方面：科室开展新辅助放化疗，免疫+化疗，免疫+放化疗等治疗，加强同放疗科、肿瘤内科、消化内科、放射科、病理科、营养科等科室的合作，成立食管癌多学科综合治疗团队(MDT)平台，每年定期举办食管癌综合诊疗学习班，运用化疗、免疫、靶向治疗等综合治疗手段，实施专病专治、全程管理、综合治疗，使部分局部晚期患者降期/转化，变“不治”为“可治”，极大提高患者生存率及生活质量；定期到基层医院进行手术演示及会议宣讲，通过“传、帮、带”教学指导，推动了优质医疗资源向基层延伸；2023获批国家癌症中心食管癌规范化诊疗首批质量控制试点单位；2024年黄志军主任牵头成立泉州市抗癌协会食管肿瘤专业委员会，成为主委单位，目前专业组在闽南地区已具有一定影响力。

人才团队：科室现有高级职称2名，硕士研究生导师2名；博士、硕士人数占医师总数的80%以上。

近年来，胃食管外科科研团队在临床与基础研究方面均取得较好成绩：科室参加多项全国性临床试验，主持过多项省级、市级临床及科研课题，在国内外医学期刊公开发表论文40多篇。